為防干裂，出廠前透析袋一般都經10%的甘油處理，透析袋中含有微量的硫化物、重金屬和一些具有紫外吸收的雜質，它們對蛋白質和其他生物活性物質有害，用前必須除去。新購進的普通型透析袋必須經過處理才能使用。處理方法如下。
方法一：
把透析袋剪成適當長度（10-20cm）的小段。
在大體積（500ml）的2%（w/v）的碳酸氫鈉和1mmol/L EDTA2Na（pH=8.0）中將透析袋煮沸10min。
用蒸餾水清洗透析袋。
放在500ml的1mmol/L EDTA2Na（pH=8.0）中將之煮沸10min。
冷卻后，置于30%或者50%的酒精中，放于4℃冰箱，必須確保透析袋始終浸沒在溶液內。從此時其取用透析袋必須戴手套。
在使用前要用蒸餾水將透析袋里外加以清洗干凈。
方法二：
可先用50%乙醇煮沸1h，再依次用50%乙醇、0.01mol/L碳酸氫鈉和1mmol/L EDTA（pH=8.0）溶液洗滌，最后用蒸餾水沖洗即可使用。
方法三：
實驗要求不高的可以用簡易方法處理。用沸水煮5至10min，再用蒸餾水洗凈，即可使用。
不過現在也有雜質含量極少，無需預處理，只需用去離子水清洗即可使用的即用型透析袋。這種透析袋具有特殊的生物技術膜，不含硫化物及金屬雜質。只是比普通型透析袋稍貴。
3)透析袋濃縮樣品
大多數情況下，透析袋純化的樣品會被稀釋。如果下游需要的樣品濃度比較高時，可能需要對樣品進行濃縮。透析袋本身濃縮的方法如下。
(1）吹干濃縮法： 將蛋白溶液裝入透析袋內，放在電風扇下吹。此法簡單，但速度慢，且溫度不能過高，最好不要超過15℃。
(2）透析袋濃縮法： 利用透析袋濃縮蛋白質溶液是應用的一種。將要濃縮的蛋白溶液放入透析袋（無透析袋可用玻璃紙代替），結扎，把高分子（6000-12000）聚合物如聚乙二醇（碳蠟）、聚乙/烯吡/咯、烷酮等或蔗糖撒在透析袋外即可。也可將吸水劑配成30%-40%濃度的溶液，將裝有蛋白液的透析袋放入即可。吸水劑用過后，可放入溫箱中烘干或自然干燥后，仍可再用。
主要用于更換蛋白質的緩沖液，得有透析袋。不需要特殊的儀器。一般用得是PEG20000進行實驗，簡單，快速，對蛋白沒什么影響。
此外，還有其他的樣品濃縮方法，如冷凍干燥濃縮法、超濾膜濃縮法等。
